В начале 1941 года Ирина и Людмила закончили курсы рентген-техников и поступили на работу в глазную поликлинику при Институте черепных ранений на Моховой улице. Это новое поступление стало судьбоносным, так как впереди была война и блокада Ленинграда. Капитон Васильевич, анализируя ситуацию, заранее предвидел события: говорил, что будет война с Финляндией, что «будем делить с Гитлером Польшу», что не избежать войны с Германией. Когда началась Великая Отечественная война, Капитон Васильевич ушел на фронт, а семья оставалась на летнем отдыхе в Вырице, в доме его брата Николая Васильевича Головкина. В начале августа они приехали в Ленинград, чтобы не выезжать из него до конца войны.

В первую блокадную зиму совершенно неожиданно подверглась репрессиям сестра бабушки, Людмила. Ее вызвали в «большой дом» и предложили подписать заведомо ложные показания против ее подруги Конопатской. Получив отказ, следователь сказал, что тогда вышлют из города ее саму. Так и случилось: Людмила Владимировна отправилась в ссылку из блокадного города. Очень скоро, в мае 1942 года, из Тюмени прислали серую бумажку с надписью: «Троицкая умерла». Она была тихим, кротким человеком, за всю жизнь не причинившим никому зла; писала стихи, играла на фортепиано. Между тем даже в 60-70-е годы бабушке было отказано в ее реабилитации.

Одновременно с высылкой Людмилы пришло распоряжение покинуть Ленинград и Софии Николаевне. Она должна была отправиться на вольное поселение в Красноярский край. Тогда Ирина Владимировна пошла в Смольный и сказала: «В 1905 году Николай Андреевич Римский-Корсаков заступился за революционных студентов Консерватории, его даже уволили тогда за это с работы, а теперь за это вы хотите выслать его дочь?» Такого аргумента, видимо, не ожидали, София Николаевна осталась дома, ей было в эту пору уже 65 лет.