Сам Путин свой уход объяснил разочарованием, которое его постигло в период развала СССР и органов безопасности. По его словам, «он почувствовал, что уже не нужен стране». Возможно, что верны сразу обе версии: и Путин разочаровался в КГБ, и КГБ разочаровалось в Путине, не было смысла продвигать посредственного офицера. А если слухи о раннем провале Путина в Бонне в 1975 году верны, то засветившийся, арестованный агент был с самого начала выбракован, не мог быть употреблен в дальнем зарубежье, мог работать только в своих соцстранах, и потому грош ему была цена в базарный день с самого начала.

Итак, в начале 1990 года Путин опять в Ленинграде. Ректор Ленинградского Государственного Университета Станислав Меркурьев берет его на мало что значащую должность помощника проректора ЛГУ по международным вопросам. Через Меркурьева Путин возобновил отношения с Анатолием Собчаком, избранным в мае 1990 года председателем Ленсовета. Якобы, Меркурьев отрекомендовал Путина как исполнительного работника. Собчак, якобы, вспомнил своего студента и взял его. Существует, однако, правдоподобная версия, что Путин был приставлен к Собчаку КГБ для надзора. Есть также версия, что Собчак сам попросил приставить к нему Путина, так как знал его лично и больше доверял. По версии же газеты "Новый Петербург" (1998 г. 24 декабря) Собчак, якобы, в прошлом был осведомителем КГБ в Университете и в этом качестве будто бы даже находился в подчинении у Путина. Как бы там ни было, с мая 1990 года по май 1991 Путин реально исполнял обязанности помощника, референта, секретаря и доверенного лица председателя Ленсовета А. Собчака.

Хотя есть сведения, что демократическое окружение Собчака, якобы, было в шоке, узнав, кого Собчак приблизил к себе, в действительности Путин был незаметен и мало кому известен.