Потом на яхте царь отправился на Соловки, попал в сильный шторм в Унских Рогах, близ Пертоминского монастыря, едва спасся.

В этих поездках Петр достаточно хорошо изучил Двинское устье, а заодно и Афанасия.

Ранней весной 1701 года к острову Линской Прилук то и дело подходили весельные и парусные суда — кочи и баркасы с тяжелыми грузами. Везли кирпич и известь, топоры и лопаты, кованые в архангельских и соломбальских кузнях железные поделки, муку, крупу, соленую рыбу и другой провиант для работных людей. Специальным царским приказом к строительству крепости на острове привлекались семь городов — Устюг Великий, Вятка, Соль-Вычегодская, Тотьма, Кеврола, Чаронда и Мезень. Около тысячи восьмисот каменщиков, плотников, землекопов и иных мастеровых на берегу Прилука, напротив судоходного фарватера, заложили Новодвинскую крепость.

Сюда прибыл сведущий в строительных делах расторопный стольник Селиверст Иевлев для надзора за постройкой крепостных сооружений и за работными людьми. Возводил крепость инженер Егор Резен. Солдатский голова Животовский организовал охрану будущего сооружения и Березовского устья. Солдаты установили на Линском Прилуке три артиллерийские батареи. Пятнадцать орудий были поставлены на острове Маркове, по другую сторону Малой Двинки. Под началом Животовского было четыреста солдат.

Не забыли и других, удаленных от Архангельска важных беломорских пунктов — Кольского, Кемского, Мезенского острогов и Соловецкого монастыря. Всюду разослали из Холмогор воинские отряды. На всех берегах трепал стрелецкие кафтаны, беломорский ветер-свежак.

С острова Мудьюг лоцманы, а по-старинному, по-поморски — корабельные вожи, в обязанности которых входило встречать и провожать иноземных гостей, были переведены на остров Марков. Оставлять лоцманскую службу — лоцвахту — в отдаленном и незащищенном месте было рискованно. На Мудьюге жил лишь небольшой воинский караул.