Навигацкая школа имела свою астрономическую обсерваторию, где ученики старших классов практически учились обращению с инструментами и астрономическим наблюдениям. Выпускались ученики обычно по окончании математической и навигацкой школ. Из-за недостатка специалистов и просто грамотных людей многих забирали из школы, не дав закончить полный курс. Окончивших математическую школу направляли для обучения артиллерии, в инженерную школу, к «архитектурным делам», для работы в Сенате и в других государственных учреждениях. Часть учеников, окончивших математическую школу, переводилась в навигацкую, где они получали специальное образование. По окончании навигацкой школы большая часть направлялась в распоряжение морского ведомства. Некоторые из окончивших школу посылались для выполнения геодезических работ. Навигацкая школа готовила первых отечественных учителей для русских, цифирных, адмиралтейских, навигацких и других технических школ, а в дальнейшем лучшие выпускники этой школы составили основной педагогический коллектив Морской академии. В то. время не хватало кадров, поэтому ученики использовались в самых различных областях государственной службы, и требовалось от них многое — подчас чтобы каждый из них был и «швец и жнец и на дуде игрец». Человек, окончивший Московскую навигацкую школу и позднее Морскую академию, был по своему времени не просто узким специалистом, но человеком всесторонне образованным, обладал способностью быстро ориентироваться при любых обстоятельствах, был энергичным и инициативным — деятелем «петровского склада».

В 1715 году началась подготовка к открытию Морской академии в Петербурге. К этому времени флот России стал могучей силой и продолжал расти. Однако Московская навигацкая школа уже не могла обеспечить потребность в специалистах для флота и адмиралтейских служб, кроме того, она находилась далеко от моря, что существенно затрудняло практическое обучение будущих навигаторов.

3. В сентябре боярину Ф. А. Головину, в ведении которого находилась Навигацкая школа, поступило распоряжение «объявить учителям: Фархварсону и Гвину, чтоб с учениками ехали в Петербург немедленно, а из нижних наук учеников отдать Магницкому».