Eppure, su quell’isola selvaggia, che i naufraghi hanno ormai battezzato con il nome di Lincoln, avvengono alcuni fatti misteriosi, quasi che una invisibile «presenza» sorvegliasse momento per momento la vita di quegli infelici. E il primo segno inquietante è la scoperta in mare di una bottiglia con un messaggio. «Sull’isola Tabor, a qualche centinaia di miglia» dice il messaggio «c’è un altro naufrago…»

È a questo punto che la vicenda si salda ai due libri precedenti, I figli del capitano Grant e Ventimila leghe sotto i mari, i quali, insieme con questo, compongono una specie di «trilogia del mare».

Quel naufrago, ch’essi trovano sull’isola Tabor, è Ayrton, il pericoloso evaso che lord Glenarvan — come appunto si narra ne I figli del capitano Grant — ha abbandonato sull’isola, per punirlo d’aver tentato d’impossessarsi del Duncan. I nostri protagonisti lo trovano ormai abbrutito e ridotto allo stato selvaggio e durano non poca fatica per ricondurlo a condizioni di vita umana e civile. Ma c’è un’altra sorpresa, ancora più strana e affascinante. In un luogo remoto dell’isola, in cupe grotte basaltiche dove il mare si insinua spumeggiando, essi scorgono la scura sagoma del Nautilus e fanno conoscenza con il capitano Nemo. Così, finalmente, sono in grado di dare un corpo a quella «presenza» benefica e invisibile che avevano più volte avvertita sull’isola. Il capitano Nemo, l’enigmatico protagonista di Ventimila leghe sotto i mari, è ormai allo stremo delle forze. Essi ne ascoltano in silenzio le ultime volontà, assistono alla sua morte, quindi lo seppelliscono, com’è suo desiderio, nel mostro d’acciaio, il Nautilus, che lentamente sprofonda negli abissi.