Wybuchła pierwsza wojna domowa. Kiedy się zakończyła, a miało to miejsce w roku 1647, królowa uciekła wraz z dziećmi do Francji. Król został zaś więźniem: najpierw parlamentu, a potem purytańskiej armii Cromwella, żołnierzy zwanych Okrągłogłowymi. Udało mu się zbiec i ukryć na wyspie Wight, skąd próbował pertraktować zarówno z parlamentem, jak ewentualnymi sojusznikami ze Szkocji. Król, który kochał intrygi, uwielbiał też się targować. Zabarykadowany w zamku Carisbrooke, gdzie czuł się względnie bezpieczny, tkwił niczym pająk pośrodku sieci, próbując knuć i intrygować, podczas gdy agenci znosili mu pocieszające wieści na temat szerzącego się wśród ludu niezadowolenia, wywołanego panoszeniem się wszechwładnej armii parlamentu.

Król, zadowolony z – jak mu się wydawało – postępującej niezgody pomiędzy wrogami, jak zwykle grał na zwłokę, zachowując się tak, jakby dzierżył władzę nad Anglią nadal mocno w dłoni. Nadeszła zima. Szkoci wysłali do Carisbrooke posłów. Armia szkocka gotowa była powstać, by poprzeć Karola i przywrócić go na tron, jeśli zagwarantuje on bezpieczeństwo Kościoła prezbiteriańskiego i przyjmie do rządu kilku szkockich szlachciców. Parlament, którego członkowie zdali sobie sprawę, iż król nie pertraktuje z nimi uczciwie, zaczął się obawiać, że sojusz ze Szkocją spowoduje wybuch kolejnej wojny domowej. Przedstawiciele umiarkowanego skrzydła zwrócili się zatem do szkockich prezbiterian, by zawarli sojusz z nimi, nie z królem. Karol, zaniepokojony sytuacją, podpisał czym prędzej niekorzystny traktat ze Szkocją.

Rozgniewany parlament odebrał królowi prawo głosu, odmawiając mu kolejnej szansy na kompromis. Tymczasem w Anglii rosło niezadowolenie, skierowane jednak nie przeciw królowi, ale parlamentowi, zwłaszcza zaś jego armii. Rządzony żelazną pięścią lud zaczynał się buntować. Wielu spośród szlachty, popierającej kiedyś reformy, zmieniło nastawienie.