W kwietniu w Walii wybuchło powstanie. Tymczasem królowi jakoś udało się sklecić sojusz pomiędzy angielskimi rojalistami a Szkotami, przy czym jedni i drudzy protestowali usilnie przeciwko ingerowaniu armii w sprawy władzy cywilnej. Wybuchła druga wojna domowa, sprowadzająca się do niewielkich powstań, takich jak w Walii, oraz inwazji Szkotów na Anglię.

Król i jego poplecznicy nie docenili jednak przeciwnika. W Szkocji musiano utworzyć specjalną konfederację pomiędzy rojalistami, prezbiterianami i kowenanterami, czyli zwolennikami Narodowego Kowenantu, podpisanego w roku 1643 z Anglikami. Nim wszystko zostało ustalone, nastał lipiec. Powstanie w Walii brutalnie zdławiono. Gdyby Szkoci ruszyli szybciej, odnieśliby wielkie zwycięstwo, gdyż przewyższali liczebnie Anglików w stosunku trzy do jednego. Jednak – źle zorganizowani i kiepsko wyposażeni – dali przeciwnikowi czas, by zdążył przegrupować siły. Decydująca bitwa rozegrała się 17 sierpnia roku 1648 pod Preston w hrabstwie Lancashire. Doskonale wyszkolone angielskie oddziały zdziesiątkowały szkocką piechotę i kawalerię. W padającym nieustająco deszczu ścigały wroga, aż wreszcie Szkoci nie byli już w stanie uciekać. Tego dnia generał Oliver Cromwell wziął do niewoli dziesięć tysięcy jeńców. Wielu zginęło.

Rozwścieczeni zachowaniem Karola I fanatycy z rządu i armii przejęli nad parlamentem całkowitą kontrolę, usuwając z niego wszystkich, których posądzano o umiarkowane poglądy. Wymieniono całą Izbę Lordów, a potem wytoczono królowi proces, oskarżając o zbrodnie przeciwko narodowi. Szybko uznano go winnym i 30 stycznia roku 1649 ścięto. Dziedzic angielskiego tronu dowiedział się o śmierci ojca w kilka dni później, na dworze swej siostry w Holandii. Stało się to, gdy osobisty kapelan zwrócił się do niego, tytułując “Wasza Wysokość”. Następca Karola Stuarta zalał się łzami i przez kilka dni rozpaczał. Nie sposób było uspokoić go ani pocieszyć. Nic w tym dziwnego zważywszy, iż został królem, mając zaledwie osiemnaście lat.