Szkocki parlament niemal natychmiast uznał w nim nowego władcę. Miał rządzić pod imieniem Karola II. Pomimo proangielskich sympatii, kowenanterom nie spodobało się bowiem, że szkocki król Anglii został stracony bez ich zgody. Zamierzali uznać za króla własnego Stuarta, stawiając jednak rojalistom warunki nie do przyjęcia. Wreszcie, po osiemnastu miesiącach targowania się, Karol II wylądował 23 czerwca roku pańskiego 1650 w Szkocji, ledwie unikając pojmania przez flotę angielską, a tym samym egzekucji.

Zwłokę spowodował fakt, iż nie chciał podpisać Narodowego Kowenantu. W akcie tym proklamowano, między innymi, narzucenie wszystkim poddanym króla w Anglii, Szkocji oraz Irlandii wyznania prezbiteriańskiego, odmawiając uznania jakichkolwiek innych form kultu, zwłaszcza anglikańskiego i katolickiego. Zabraniano tworzenia kościelnej hierarchii i zakazywano powoływania jakichkolwiek biskupów, zarówno obecnie, jak w przyszłości. Król, anglikanin, podpisał akt z niechęcią, nie zamierzając, jak podejrzewano, przestrzegać zawartych w nim ustaleń. Postąpił tak, gdyż potrzebował wsparcia, jeśli chciał odzyskać tron Anglii.

By tego dokonać, potrzebował też absolutnej kontroli nad armią. Zrobi, co będzie musiał, by zrealizować swoje zamysły. Członkowie szkockiego parlamentu, choć nader uparci i krótkowzroczni, nie byli jednak głupi. Trzymali młodego króla w całkowitej izolacji, posuwając się nawet do tego, by oddalić jego osobistych kapelanów i przyjaciół. Pieczę sprawowali nad nim czterej kapłani szkockiego kościoła, zwanego kirk, napominając i pouczając bez ustanku. Dopiero gdy Cromwell okazał się na tyle głupi, by jesienią najechać Szkocję w bezskutecznej próbie odzyskania nad nią kontroli i aresztowania króla, szkocki parlament zdecydował się powołać armię, by obroniła kraj przed napaścią. Karol zaś, drugi tego imienia, dostrzegł dla siebie przebłysk nadziei. Nadziei, jak się okazało, złudnej.