Сапатисты впервые начали открытые действия против правительственной олигархии 1 января 1994 года, когда вступил в силу дискриминационный пакт NAFTA, направленный против беднейших фермеров Мексики. Вооруженная борьба EZLN была сфокусирована на неолибералистских стратегиях мексиканского политического истеблишмента: на лживых идеях «свободной торговли». Правительство незамедлительно ответило на выступление сапатистов бомбардировкой мятежного штата, Однако 12 января 1994 года в Мехико-сити прошла большая демонстрация в поддержку EZLN и против бомбардировки Чьяпаса. Тогдашний президент Мексики Салинас сразу пошел на уступки и обещал начать мирные переговоры с руководителями сапатистов. Хрупкое перемирие было наконец установлено, но множество раз срывалось впоследствии.
Кроме Чьяпаса, существует другой (гораздо менее известный) очаг военной и политической нестабильности в штате Гуэрреро. Здесь в 1996 году активизировалась Революционная народная армия (EPR). И Чьяпас, и Гуэрреро принадлежат к беднейшим районам страны в основном с аграрным индигенным населением. Именно социальное и расовое неравноправие вызвало резкую ответную реакцию крестьянских групп и их вожаков. EZLN требует положить конец расистским ограничениям и социальному бесправию в Чьяпасе. Близкие идеи воодушевляют и мятежников Гуэрреро. Революционные коллективы пытаются реализовывать на освобожденных ими территориях принципы радикально-демократического сообщества: самоуправление, саморегуляцию, прямой обмен. Крестьяне создают локальные общественные структуры, носящие антирасистский, антипатриархальный и антикапиталистический характер.