Отже, царський уряд конче вимагав проведення в Малоросії адміністративної, соціальної та військової реформи. Проте на відміну від Слобожанщини, яка здавна належала Московському царству, Малоросія увійшла до складу Московії, пізніше — Російської імперії, на добровільних засадах — зі згоди більшості старшини та козацтва, з якими тепер слід було рахуватися. Проблему з козацькою старшиною розв’язано досить легко: вона автоматично отримувала дворянство Російської імперії з усіма правами. Однак із легалізацією малоросійського козацького стану виникала проблема. Адже козаки — це насамперед воїни, хоча малоросійське козацтво на той час уже розучилося воювати. Єдиним шляхом вирішення ситуації стало перетворення козацького стану на однодворців — вільних людей, які не мали власних кріпаків, але й не підлягали закріпаченню (згодом цю верству почали називати міщанською). З огляду на те, що перейменовувати козаків на однодворців було небезпечно (це ображало їхнє почуття гордості), малоросійський козацький стан дістав права однодворців, але на території своїх губерній і надалі іменувався малоросійським козацтвом. (Цікаво, що колишні однодворці Полтавської та Чернігівської губерній називали себе малоросійськими козаками аж до початку 30-х років XX ст. — часів розкуркулення та Голодомору.)

Розв’язання цих проблем тривало близько чотирьох років, хоч адміністративна реформа була проведена за лічені місяці. Так, уже в 1781 р. було скасовано адміністративно-територіальний поділ, а старі полки об’єднано у кілька намісництв. 1796 р. намісництва розділилися на повіти, які увійшли до складу Малоросійської губернії. У 1802 р. зникла Малоросійська губернія, а замість неї постали Полтавська та Чернігівська.