Посаженный в крепость и допрашиваемый страшным Шешковским, Радищев заявлял о своем раскаянии, отказывался от своей книги, но вместе с тем в показаниях своих нередко высказывал те же взгляды, какие приводились в "Путешествии". Выражением раскаяния Радищев надеялся смягчить угрожавшее ему наказание, но вместе с тем он был не в силах скрывать свои убеждения. Кроме Радищева допрашивали многих лиц, причастных к изданию и к продаже "Путешествия"; следователи искали, нет ли у Радищева сообщников, но их не оказалось. Характерно, что расследование, произведенное Шешковским, не было сообщено палате уголовного суда, куда, по высочайшему указу, было передано дело о "Путешествии". Судьба Радищева была заранее решена: он был признан виновным в самом указе о предании его суду. Уголовная палата произвела очень краткое расследование, содержание которого было определено в письме Безбородко к главнокомандующему в Петербурге графу Брюсу. Задача палаты состояла только в придании законной формы предрешенному осуждению Радищева, в подыскании и подведении законов, по которым он должен был быть осужден. Задача эта была нелегкая, так как трудно было обвинить автора за книгу, изданную с надлежащего разрешения, и за взгляды, которые еще недавно пользовались покровительством. Уголовная палата применила к Радищеву статьи Уложения о покушении на государево здоровье, о заговорах, измене, и приговорила его к смертной казни. Приговор, переданный в Сенат и затем в Совет, был утвержден в обеих инстанциях и представлен Екатерине. 4-го сентября 1790 г. состоялся именной указ, который признавал Радищева виновным в преступлении присяги и должности подданного, изданием книги, "наполненной самыми вредными умствованиями, разрушающими покой общественный, умаляющими должное ко властям уважение, стремящимися к тому, чтобы произвести в народе негодование против начальников и начальства и, наконец, оскорбительными и неистовыми изражениями против сана и власти царской"; вина Радищева такова, что он вполне заслуживает смертную казнь, к которой приговорен судом, но "по милосердию и для всеобщей радости", по случаю заключения мира со Швецией, смертная казнь заменена ему ссылкой в Сибирь, в Илимский острог, "на десятилетнее безысходное пребывание".