По его настоянию в Успенский собор стали свозить останки высших церковных чинов: патриарха Гермогена из Чудова монастыря, патриарха Иова из Старицы, митрополита Филиппа, задушенного Малютой Скуратовым по приказу Грозного, — из Соловок. За останками Филиппа Никон поехал сам и действовал по инструкции. Он вычитал, что император византийский Феодосий, посылая своего попа за мощами св. Иоанна Златоуста, замученного его матерью, написал покойнику покаянное письмо. Это письмо было читано у гроба. У святого просили прощения и согласия переехать в Константинополь. Никон тоже хотел так. Он и дальше будет круто строить мизансцены, ставить сценические сверхзадачи и решать их. Родиться бы Никону позже, — как бог свят, оказался бы он третьим в теплой компании Станиславского и Немировича за столиком «Славянского Базара». А так пришлось третьим звать какого-то Данченко...

Поехал Никон на Соловки с письменными извинениями молодого царя к покойному Филиппу: «Молю тебя и желаю пришествия твоего сюда, чтоб разрешить согрешения прадеда нашего царя Иоанна». По дороге Никон то молился безмерно, то постился, то каялся и всё это заставлял проделывать сопровождающих лиц — высших бояр, которых жёстко подчинил себе. Он переигрывал, не принимал в расчет человеческого фактора. Толстые бояре наши Хованские, да Отяевы, да Лобановы в письмах жаловались царю, что этот демон заставляет их целыми ночами стоять на коленях, не дает жрать по-человечески, придирается к выправке и одежде, и лучше бы им служить на Новой Земле (тогда еще нерадиоактивной), чем под командой Никона. Царь осторожно заступался за обиженных. Вообще, Алексей подпал под такое влияние Никона, что писал ему каждый день, а если какой день пропускал, то дико извинялся; без конца спрашивал, а так ли мы служим эту службу, да эту, да вон ту. Царь был, как бы сам не свой. Когда он отправил ближнего боярина Бутурлина сторожить дворец и кладовые покойного патриарха (царь их сам описал: «Если б я сам не стал переписывать, то все раскрали бы»), то обнаружил с удивлением, что его приказы и пожелания выполняются немедленно! Оказывается, царь наш не очень то до поры и царствовал!