Алтан-хан стал преданным учеником Сёнама Гьямцо и положил конец множеству грубых обычаев, существовавших в его стране. Такие дурные шаманистские привычки, как сжигание овдовевших женщин, принесение в жертву рабов и животных для успокоения душ умерших и идолопоклонничество, были запрещены, кроме того, было введено уголовное преследование за убийство. На территориях, где правил Алтан-хан, буддизм превратился, практически, в государственную религию, что закреплялось особыми привилегиями для буддийских монахов. Хан пожаловал своему гостю титул Билигюн Тале Лама, который постфактум перешёл также к двум его предшественникам. "Тале", что по-монгольски означает "океан", тибетцы стали произносить как "Далай". Так была основана линия Далай-лам, которая в последующие столетия должна была стать определяющим фактором в развитии отношений между Монголией и Тибетом.

Через много лет после своей первой поездки Далай-лама снова отправился в путь с намерением остаться в Монголии на более длительный срок. Возвращаясь, по дороге домой - в Тибет, он умер.

4-й Далай-лама, Йёнтен Гьямцо (1589-1617) - единственный нетибетец в своей линии. Он родился в Монголии в семье Алтан-хана - был его правнуком. В 1602 году монголы с тяжёлым сердцем отпустили его в Тибет и, заполнив возникший духовный вакуум, признали монгольского тулку. Это был мальчик такого же возраста, как Йёнтен Гьямцо, и его возвели на трон под именем Майдари Хутукту и объявили реинкарнацией великого учёного и летописца традиции Джонангпа, Таранатхи (являвшегося, кстати, учеником 9-го Кармапы).

Как официально признанная реинкарнация достопочтенного Сёнама Гьямцо, Йёнтен Гьямцо был с почестями принят в Лхасе. Однако прожил он недолго: в 1616 году у него обнаружились признаки тяжёлого ревматизма, и через несколько месяцев он умер в возрасте всего 28 лет. Его прах был разделён между монголами и тибетцами.