После того как в середине IX века тибетцы покинули Восточный Туркестан, Хотан стал независимым государством и буддизм в нем продолжал развиваться. Местный тюркский народ основал вокруг Кашгара Караханидское государство, которое изначально включало Кашгар, а также восточные Киргизию и Казахстан. Некоторые ученые считают, что этот тюркский народ был еще одной ветвью монгольских уйгуров, также переселившихся на эту территорию. На протяжении столетия караханиды следовали смеси кашгарского буддизма и шаманизма.

Караханиды раньше других стали мусульманами, и это произошло в конце X столетия. После долгой войны они нанесли поражение Хотану в середине XII столетия и обратили Хотан в ислам. В этих войнах тибетские войска сражались на стороне своих собратьев – буддистов Хотана. Как бы там ни было, уйгуры из Кочо продолжали оставаться буддистами. В период правления Чингиз-хана они не только дали монголам свою письменность, заимствованную ими у согдийцев, но были первыми, кто познакомил монголов с буддизмом. Когда позже монголы переняли тибетский буддизм, его также переняли и уйгуры. Ислам пришел к уйгурам где-то между XIV и XVII столетиями, медленно распространяясь с запада на восток.

Джунгары поддерживали тибетский буддизм в северной части Восточного Туркестана и в восточной части Казахстана с конца XVI столетия, до того как потерпели поражение и были практически полностью истреблены манчжурами в середине XVIII столетия.