Уйгуры, в свою очередь, передали свою форму буддизма, а также свой алфавит и управленческие навыки, монголам в начале XIII века, во времена Чингиз-хана. В конце XIII столетия уйгуры изменили стиль своей буддийской практики и переняли тибетскую форму буддизма, так же как это сделали их монгольские союзники. Уйгуры перевели множество буддийских текстов на свой тюркский язык с санскритских, согдийских, тохарских, китайских и тибетских источников. Кроме того, они были первооткрывателями в переводе буддийских текстов на монгольский язык. Их стиль перевода, сохраняющий многие санскритские технические термины, переняли монголы. Буддистов среди уйгуров можно было встретить приблизительно до XVII столетия.

Остальные ветви уйгуров тоже следовали буддизму. В середине IX века одна их ветвь переселилась из Монголии в долину реки Чу, в район современной северо-западной Киргизии, и следовала форме буддизма, практиковавшейся здесь ранее, когда территория находилась под управлением карлуков, а до них – под управлением тюргешких тюрок. Другая группа переселилась в то же время в район Кашгара в Восточном Туркестане и следовала кашгарской традиции буддизма, которую также переняли караханидские тюрки, начавшие править этим регионом спустя столетие. Третьей группой были желтые уйгуры, тоже переселившиеся из Монголии в IX веке в центральную часть современной китайской провинции Ганьсу, в то время находившуюся под управлением Тибетской империи. Хотя желтые уйгуры – немногочисленная народность, в наши дни они все еще следуют тибетской форме буддизма.