Более поздняя санкхья, которую обычно связывают с именем мудреца Капилы, исповедует иной взгляд на бытие, но это мало меняет формы и назначение йоги.

Подобно большинству дохристианских учений, считавших мир эманацией, или проявлением духа, доктрина Капилы не знает идеи творения, при этом последователи поздней санкхьи настаивают на тождестве причины и ее следствия. По их мнению, физическая Вселенная не может быть излиянием духовного Начала; бессознательные стихийные процессы порождаются такой же слепой стихийной природой. Эта Первоматерия, Пракрити, производит все вещи, как вымя выделяет молоко, «без всякого сознания» [

Это, казалось, должно было привести санкхью к материализму. Но она отличалась большей последовательностью. Для нее оставалось бесспорным, что духовный мир столь же реален, как и физический, и, следуя все той же логике, санкхья приходила к заключению об особом, независимом происхождении сознания. Сначала она мыслила его источник в виде единого Духа, Пуруши, но постепенно склонилась к точке зрения, согласно которой все духовные единицы неисчислимы и составляют особое царство («лоно») нетленных сущностей [

Из концепции Капилы и исходил Патанджали. Следуя ей, он обоготворял человеческий дух, рассматривая его как царственного пленника попавшего в силки Пракрита. В этом йога Патанджали сближается с человекобожием раннего джайнизма и Упанишадами. Действительно, если признать единосущность человеческого Я и Вселенского Атмана, мысль о нетварной природе ядра индивидуума становится вполне естественной.