В последующий период (XV-XVII века) отношение русского православия к светской культуре и знаниям стало откровенно враждебным.
Hа протяжении всей своей истории Христианская Церковь боролась против всякого инакомыслия, и прежде всего против науки. Вот несколько примеров того, как относилась Церковь к науке и ученым. Только в средние века от Христианской Церкви пострадали: Роджер Бэкон - за идеи независимости науки от Церкви; Сигер Брабантский и Боннини - за отрицание бессмертия души; астроном Чекко ди Асколи - за учение о шарообразности Земли; математик Вальмес - за решение уравнения 4-й степени; Джордано Бруно - за пропаганду учения Коперника; Казимир Лыщинский - за отрицание существования бога.
В 1163 году папа римский запретил всем клирикам изучение физики. В 1380 году французский парламент под давлением папы Иоанна ХХII наложил запрет на всякие занятия химией. В 1564 году инквизиция приговорила врача Андрея Везалия к смерти за то, что он установил, что у мужчин и женщин одинаковое число ребер.
За пропаганду учения Коперника пожизненному домашнему заключению подвергся Галилео Галилей. Книги, в которых утверждалось, что Земля вертится вокруг Солнца, числились в "Индексе запрещенных книг" до 1835 года. Католическая Церковь яростно преследовала и Чарльза Дарвина основателя теории естественного отбора, называя его клеветником и развратником.
Для предотвращения распространения инакомыслия и прежде всего научных идей Католическая Церковь составила перечень книг, запрещенных к изданию и распространению, - "Индекс запрещенных книг". Первый список таких книг был опубликован при папе Павле IV в 1559 году. Этот индекс издавался Ватиканом на протяжении нескольких столетий - по 1966 год. В него входили тысячи произведений выдающихся мыслителей, ученых и писателей.