Против науки и просвещения выступала и Русская Православная Церковь, мало чем уступая в этом плане своей более могучей сестре. В частности, и она активно боролась против учения Коперника и Джордано Бруно, препятствовала развитию астрономии. Hемало препятствий чинило православное духовенство развитию медицины. Hа православных церковных соборах XIV-XVII веков рассматривались и утверждались индексы запрещенных книг. В 1745 году синодальное начальство потребовало изъять из продажи изданный Академией наук астрономический календарь, что и было сделано, обнаружило в нем сведения, "к соблазну народному склонные", "относительно Луны и прочих планет". Они возражали также против предпринятого Академией наук издания русских летописей (!).
В 60- х годах прошлого века РПЦ запретила издание романа Ж. Верна "Путешествие к центру Земли": духовные цензоры нашли, что этот роман может развить антирелигиозные идеи и уничтожить доверие к Священномy писанию и духовенству.
Духовные власти России запрещали издание многих произведений выдающихся французских писателей: Г. Флобера, А. Франса, Э.Золя и др.
По настоянию Синода на Лобном месте в Москве публично была сожжена книга-диссертация видного философа и математика Д. С. Аничкова "Рассуждения из натурального богословия о начале и происхождении натурального богопочитания у разных, особенно невежественных, народов", изданная в 1769 году. Эта книга была посвящена вопросам происхождения религии. В XIX веке цензурным и иным преследованиям духовенства подвергались труды по геологии, биологии, ботанике, физиологии, истории, философии, произведения Дидро, Гольбаха, Гобса, Л. Фейербаха. Лишь после отмены в 1861 году крепостного права Церковь стала постепенно отказываться от открытых и грубых нападок на науку.
Однако жизнь не стоит на месте, и под давлением роста общей образованности и культуры паствы Церкви приходится пересматривать свои догмы. 11 Вселенский собор 1962-1965 годов сформулировал уже новое отношение Католической Церкви к науке.