Отсутствие такого раздела в работах Ли и других историков, в частности Жана Гиро, пытавшихся охватить всю историю инквизиции, на наш взгляд, выгораживает папство от вины за преступления инквизиции, создавая ложное представление, что "св. престол" стоял в стороне от деятельности инквизиционных трибуналов, в то время как он являлся подлинным вдохновителем и организатором инквизиции во вселенском масштабе, меняя на протяжении столетий методы и формы ее деятельности и избирая в различные эпохи различные объекты для преследования. Ж. Гиро называет конгрегацию инквизиции и испанскую инквизицию, учрежденную в 1481 г., инквизициями "нового времени", в отличие от средневековой инквизиции XII-XV вв., исследованию которой посвящен его труд.

Другой не менее существенный недостаток, свойственный многим светским историкам инквизиции, заключается в том, что они рассматривают ее только как средневековый институт, защищавший интересы феодальной церкви и феодального строя в целом. Между тем история инквизиции заканчивается в XX в.

Буржуазная и церковная историография бессильны объяснить инквизицию, причины ее появления, различные формы ее деятельности, вскрыть причины ее долговечности. Антиклерикальные историки объявляют инквизицию следствием органической "порочности" католической церкви и свойственного только ей одной духа нетерпимости, игнорируя тот факт, что своих противников с не меньшим ожесточением преследовала протестантская, православная и другие христианские церкви, как и другие религии. Современные церковные защитники инквизиции, хотя и высказывают лицемерное сожаление о ее "крайностях", выдают ее за инструмент "божественного провидения", с помощью которого церковь якобы спасала общество от разложения, а в случае Испании способствовала будто бы ее национальному сплочению и единству.