Сын киевского купца, в крещении он был наречен Елеазаром. С успехом закончив Киево-Могилянскую Академию, Елеазар обучался во Львове, Кракове и в Римской коллегии св. Афанасия. В Риме он стал базилианским монахом Елисеем. Вернувшись на родину, он отрекся от униатства и был пострижен в Киево-братском монастыре с именем Самуила. Его назначили профессором Академии, и вскоре в награду за успехи в преподавании удостоили имени его покойного дяди Феофана - ректора Могилянской Академии. Из Рима Прокопович вынес отвращение к иезуитам, к школьной схоластике и ко всей атмосфере католицизма. В своих богословских лекциях он пользовался не католическими, как это принято было в Киеве до него, а протестантскими изложениями догматики.

В день Полтавского сражения Феофан поздравлял царя с победой. Слово, произнесенное им за богослужением на поле битвы, потрясло Петра. Оратор использовал день победы 27 июня, на который приходится память преподобного Самсона, чтобы сравнить Петра с библейским Самсоном, разодравшим льва (герб Швеции складывается из трех львиных фигур). С тех пор Петр не мог забыть Феофана. Отправляясь в Прутский поход, он взял его с собой и поставил во главе войскового духовенства. А по окончании похода Феофан был назначен ректором Киевской Академии. В 1716 году его вызвали «на чреду» в Петербург, и там он произносил проповеди, которые посвящал не столько богословским и церковным темам, сколько прославлению военных побед, государственных свершений и преобразовательных планов Петра. Феофан стал одним из кандидатов на архиерейскую кафедру. Но у ревнителей православия его богословские воззрения вызывали серьёзные опасения. Хорошо знавшие его по Киеву ректор Московской академии архимандрит Феофилакт Лопатинский и префект архимандрит Гедеон Вишневский ещё в 1712 году отважились подать государю открытое обвинение Феофана в протестантизме, который они обнаружили в его киевских лекциях. После вызова архимандрита Феофана в Петербург его обличители не замедлили послать на него новый донос, направив его Петру через местоблюстителя, который присовокупил к докладу московских профессоров своё мнение, что Феофана никак нельзя ставить во епископа. Но Феофан сумел так ловко оправдаться в возведенных на него обвинениях, что митрополиту Стефану пришлось просить у него извинения.