В 1718 году Феофана хиротонисали во епископа Псковского с тем, однако, чтобы резиденцией его был Петербург. В отличие от своего менее удачливого соперника в борьбе за близость к. царю, Феодосия, епископ Феофан был образованным ученым, богословом, писателем, человеком ясного и сильного ума. Ему удалось стать советником и незаменимым помощником Петра I не только в церковных, но и в государственных делах. Он служил Петру неиссякаемым источником самых разнородных знаний, его живой «академией и мозгом». Именно Феофан стал главным исполнителем задуманной Петром церковной реформы, и ему она больше чем кому бы то ни было, обязана своим протестантским оттенком. Многое в поступках и воззрениях этого иерарха подтверждало правоту выдвинутых против него обвинений в неправославии. На своих противников, ревнителей Православия Феофан с церковного амвона возводил обвинение в затаенной вражде на монарха: «Суть нецыи,… или тайным бесом льстимии или меланхолией помрачаеми, которые таковаго некоего в мысли своей имеют урода, что все им грешно и скверно мнится быти, что-либо увидят чудно, весело, велико и славно… И сии наипаче славы безчестити не трепещут и всякую власть мирскую не точию не за дело Божие имеют, но в мерзость вменяют».

В написанном по поручению: Петра сочинении «Правда воли монаршей» епископ Феофан, повторяя: Гоббса, формулирует абсолютистскую теорию государственного права: «Могуществу монарха основание есть… что народ правительской воли совлекся» и передал эту волю монарху. «Сюда надлежат всякие обряды гражданские и церковные, перемена обычаев, употребление платья, домов строения, чины и церемонии в пированиях, свадьбах, погребениях и прочая и прочая».