Вторым периодом истории Константинопольской Церкви был период «Крестовых походов», который закончился в 1204 г. захватом Константинополя крестоносцами. Этот период ознаменован возрастанием противоречий между восточной и западной частями Римской империи и, соответственно, Восточной и Западной Церквами, центрами которых были соответственно Константинополь и Рим. Соперничество с Римом становится одной из главных тем истории Вселенского престола. Рим все больше претендовал на гегемонию в христианском мире, к чему его подталкивали западные короли, главным образом варварского происхождения. Наиболее видным из них был король франков Карл (+814), сыгравший немалую роль в обособлении Западной Церкви от Восточной и нагнетанию враждебности между Западом и Востоком.

Римский епископ требовал присвоения себе первенства авторитета в Церкви. Восточные Патриархи стояли на позициях принципа соборности в Церкви. В результате этих расхождений сложились две принципиально отличные экклезиологии — восточная и западная. Когда же в 587 г. Константинопольский Патриарх Иоанн Постник усвоил себе титул «Вселенский», Римский епископ расценил это как претензию на господство в Церкви.

С другой стороны, зависимость Константинопольского Патриарха от императора, порожденная особой системой церковно-государственных отношений, называемой «симфонией», когда Церковь рассматривала империю как свою неотъемлемую часть, которая должна охранять догматическое учение и канонический строй Церкви, на практике приводила к тому, что императоры-еретики зачастую навязывали Церкви чуждое Православию учение. Это вызывало протесты со стороны Римского епископа и нередко приводило к расколам между Востоком и Западом, как это имело место в период 484–518 г.г. при Патриархе Акакии и папе Феликсе, во время монофелитских и иконоборческих споров в VII–VIII в.в.

Наиболее видным деятелем этого периода был Константинопольский Патриарх св. Фотий (+ ок. 891), которого в Греции называют «Великим».