Серьезный конфликт между Константинополем и Римом произошел при Патриархе Фотии в 860–888 г.г. из-за церковного подчинения Болгарии и вмешательства папы Николая I во внутренние дела Константинопольской кафедры. Окончательный разрыв между Константинополем и Римом произошел в 1054 г., когда Патриарх Михаил Керуларий и папский легат кардинал Гумберт предали друг друга анафеме. Тогда же были впервые сформулированы основные отступления Римской Церкви от Православия. Незаживающую рану христианским отношениям между Востоком и Западом нанес IV крестовый поход, когда в 1204 г. Константинополь был разграблен западными христианами, а Патриарх и император вынуждены были бежать в Никею и пребывать там до 1261 г., когда Константинополь был отвоеван императором Михаилом VIII Палеологом (+1282).
Третий период истории Константинопольской Церкви начался с 1261 г. с освобождением Константинополя от латинских захватчиков и продолжался до 1453 г., когда он был окончательно захвачен турками. После латинской оккупации Константинополя Восточная Римская империя, позже получившая название «Византии», уже никогда не достигала своего прежнего могущества. Так, к 1300 г. от нее оставался лишь Константинополь, территории современной Греции, Фракии и западная часть Малой Азии. Главным врагом империи в этот период стали турецкие племена, которые ранее зачастую бывали ее союзниками. Теперь же они, воспользовавшись слабостью государства и консолидировавшись в единую силу, обратились против своего союзника и начали наносить ему сокрушительные удары. Чтобы найти выход из сложившейся ситуации, многие Константинопольские императоры стали обращаться к помощи Запада. Запад же в обмен на такую помощь требовал подчинения восточных Церквей Риму.