Патриарх и духовенство обладали личной неприкосновенностью, церковные имущества и доходы налогами не облагались. Но очень часто все эти положения оставались только на бумаге. Насилие над православными, разрушение храмов, постоянное вмешательство в дела Церкви и в избрание Патриарха — достаточно характерные моменты в эпоху турецкого владычества.

В 1601 г. при патриархе Матфее I резиденция главы Церкви переносится в один из кварталов Константинополя — Фанар.

Из наиболее известных деятелей этого периода следует отметить Патриархов Иеремию II (+1595) и Кирилла Лукариса (+1638). Оба Патриарха жили в период зарождения и бурного развития Реформации в Европе и были вынуждены отвечать на вызовы этого движения. В самом начале Реформации некоторые ее деятели пытались установить контакты с иерархами Православной Церкви, ища в ней опору своим исканиям неискаженного христианства. Патриарх Иеремия, с которым вступили в общение эти деятели, благосклонно отнесся к их попыткам вернуться к изначальной христианской традиции и высказал готовность к диалогу с ними. Тем не менее, стоя на страже церковной традиции, он отверг те новшества, которые получили развитие в протестантизме. Кирилл Лукарис не был столь принципиален перед лицом Реформации и принял некоторые ее идеи в их кальвинистской интерпретации. Эти идеи были изложены в приписываемом Лукарису «Исповедании веры», изданном в 1629 г. в Женеве. Это «Исповедание» было осуждено несколькими православными соборами.

Очень часто только позиция России, защищавшей турецких христиан, спасала Константинопольскую Церковь от уничтожения и погромов. В 1774 г. она официально получила право покровительства православным народам в Турции.

С 1833 г. начался пятый, современный период истории Константинопольской Церкви, продолжающийся до сего дня.