Через пять дней после утверждения атомного научного списка № 1, 3 октября 1945 года, Капица написал письмо Сталину с просьбой о своей отставке:
«…Я уверен, что пока я больше пользы принесу как своей стране, так и людям, если отдам все свои силы непосредственно научной работе, ею я и решил всецело заняться. Ведь эту работу я люблю и за неё заслужил уважение у людей. Поэтому прошу Вас, чтобы Вы дали свое согласие на мое освобождение от всех назначений по СНК, кроме моей работы в Академии Наук».
Сталин на это письмо никак не отреагировал. Отказ Капицы вместе со своим институтом участвовать в атомном проекте не очень сильно огорчил Курчатова. А вот вежливое и корректное отстранение от урановой проблемы Института химической физики (ИХФАНа) во главе с академиком Семеновым его расстроило. Но Игорь Васильевич рассчитывал, что к вопросу ИХФАНа, с его прекрасными научными кадрами, он при подходящем случае обязательно ещё вернется.
Все привлеченные к атомной тематике институты срочно принялись за составление календарных планов работ, а заодно и мероприятий по материально-техническому обеспечению, расширению площадей и штатов, приобретению приборов и оборудования. Институты понимали, что финансирование их работ Первым Главным Управлением обещает быть щедрым, и поэтому старались как можно быстрее и эффективнее решить заодно свои собственные застарелые проблемы.
Наиболее важные атомные работы дублировались разными институтами. Принцип здоровой конкуренции сразу закладывался Спецкомитетом как основополагающий в организации всех работ.
Наиболее ответственные дела оставались за секретной лабораторией № 2, руководимой Курчатовым. Она должна была освоить лабораторные и опытно-промышленные методы разделения изотопов урана и получения плутония в уран-графитовой сборке. Кикоин и Курчатов отвечали за подготовку Технических Заданий (ТЗ) на проектирование промышленных комбинатов № 813 и № 817.