За Харитоном оставалась разработка конструкции бомбы, за Алихановым — тяжеловодный реактор. Несмотря на явную приоритетность Лаборатории № 2 во всех научных вопросах атомного проекта, вопрос о Главном научном руководителе оставался открытым. Капица или Курчатов?
И тот, и другой входили в состав Специального комитета и его Технического совета. Формально их должностной статус был равнозначен. Коллизия разрешилась сама собой.
25 ноября 1945 года Капица послал Сталину второе «отставное» письмо, которое было составлено в категоричной, почти ультимативной форме, похожей на сжигание мостов.
Резкой критике в письме была подвергнута вся складывающаяся организация работ по созданию атомной бомбы (АБ).
«…Можно отметить, что среди ученых, инженеров, начиная с самых хороших и кончая жуликами, с учетом всех градаций, заключенных между ними, сейчас большой энтузиазм к АБ…
…Никакого строгого отбора тематики по определенному плану сейчас нет, и вокруг АБ начинается свистопляска. Пляшут и жулики, и авантюристы, и честные люди. Конечно, что-нибудь под конец и вытанцуется, но явно это не тот короткий и дешевый путь, по которому мы можем перешагнуть Америку…
Но все же мы не должны складывать оружие… Хоть и тяжеловато будет, но, во всяком случае, попробовать надо скоро и дешево создать АБ. Но не таким путем, как мы идем сейчас, — он совсем безалаберен и без плана…».
Капица открыто выразил в письме свое мнение о полной некомпетентности партийных руководителей, которые часто со скептицизмом выслушивают мнение ученых и за их спинами делают все по-своему.
«… Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. Правда, у него дирижерская палочка в руках… У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо…