Его познания в диалектике убедили его в ограниченности логики.

Он также критикует слепую веру в описания Чистой Земли, не выходящие за рамки индийской культуры, замечая, что, случись Будде рассказывать о ней на Тибете, он бы учел тибетские обычаи, и тогда в Чистой Земле росли бы деревья исполнения желаний с листьями, уставленными чашками масляного чая. При этом Гедуна Чопела нельзя обвинить в нигилистическом релятивизме; он не говорит, что не верит в состояние будды, а утверждает, что Будда проповедовал так, чтобы его учения были доступны для аудитории. Очевидно, его проницательный ум иконоборца и многочисленные поездки привили ему чувство культурного релятивизма, отличавшее его от большинства его соотечественников.

Его работа «Украшение мысли Нагарджуны» отличается таким свободомыслием, что в наши дни некоторые консервативные сторонники школы Гелугпа, не смея отрицать, что Гедун Чопел был выдающимся ученым, но будучи не в силах представить себе, что умный человек мог критиковать Цонкапу, полагают, что основные идеи «Украшения мысли Нагарджуны» принадлежали не Гедуну Чо-пелу, а его ученику — последователю школы Ньингма Да-ва-санг-бо.

Политические взгляды Гедуна Чопела были столь же крамольны и в конце концов принесли ему несчастье. Живя в Индии, он был близок к тибетским политическим эмигрантам, в частности, к Рап-га Бом-да-цангу, организатороу политического движения, известного как «Ассоциация борцов за изменение Западного Тибета». То, что Гедун Чопел, демонстрируя свои симпатии этому прогрессивному политическому движению, создал его эмблему — серп, меч и ткацкий станок, — вероятно, особенно раздражало консервативных членов тибетского правительства.