Калимпонгская группировка выпускала памфлеты с нападками на тибетские порядки, и озабоченные этим британские власти в Индии разослали ее членам повестки с требованием покинуть страну. Гедун Чопел, получив коварное «приглашение» от министра кабинета посетить Лхасу, в Цо-не был взят под арест и выслан в Лхасу, где на некоторое время его оставили в покое. Он привез с собой только коврик, заменявший ему постель, печку, алюминиевый горшочек для приготовления пищи и большой черный железный ящик с книгами и рукописями. Своей жизнью он оправдывал данное им себе Прозвище Нищий из Амдо. Осенью 1947 года комитет во главе с Сур-кангом, наиболее влиятельным лицом в правительстве конца сороковых годов, предъявил ему официальное обвинение в подлоге, но осужден он был за «подрывную политическую деятельность». Вслед за этим Сур-канг обвинил его в принадлежности к коммунистической партии. (Слухи так разрослись, что вскоре его уже называли русским шпионом.) По всей вероятности, основными поводами для его ареста послужили его участие в разработке проекта конституции, в которую входило создание парламентских учреждений, что шло в пику консервативному правительству, а также его открытое неприятие религиозных догм. Кроме того, тибетское правительство опасалось, что «Ассоциация борцов за изменение Западного Тибета» получит поддержку Гоминдана. Сам Гедун Чопел позже говорил, что, как он полагал в то время, британские власти решили арестовать его как коммуниста из-за его исследований, подтверждающих, что Тибет — независимое государство с территорией, исторически занимавшей часть Индии. Британцы же признавали китайский сюзеренитет над Тибетом и к тому же хотели сохранить границы своей империи.