Когда за ним пришли представители властей, он высказал две просьбы: во-первых, чтобы они не прикасались к бесчисленному множеству его записей на обрывках бумаги и папиросных обертках, аккуратно разложенных по всей комнате, так как это черновики новой книги, в которой будут представлены доказательства суверенитета тибетской нации, и, во-вторых, чтобы не разглашали его тайну о том, что, не имея времени на семейную жизнь, для удовлетворения плотских потребностей он держит дома резиновую куклу в человеческий рост (ее лицо он раскрасил «под кочевницу»). Впоследствии ни одна из его просьб не была удовлетворена.

Члены кабинета настояли на просмотре всех его рукописей и, не найдя в них никаких улик, перешли к допросам, подчас применяя порку. Гедун Чопел все отрицал. Несмотря на отсутствие существенных доказательств, его посадили в тюрьму вместе с обычными уголовниками. В тюрьме он проводил ночи с неграмотной женщиной родом из Авахо.

В 1949 году Рахула Санкрикьяяна и Юрий Рерих встретились с братом Сур-канга, генералом, во время его посещения Индии; они настоятельно просили его поручить Гедуну Чопелу написать историю Тибета и сказали, что при более гуманном обращении он принесет Тибету немалую пользу. Дружеские связи Гедуна Чопела с Китаем, по их словам, могли быть выгодно использованы тибетскими властями после неизбежного вторжения в Тибет коммунистического Китая. Просидев за решеткой два года и четыре месяца, в 1949 году

Выпавшие на его долю испытания ощущаются особенно остро в заключительных строфах «Трактата о страсти», где он просит не сваливать на него чужую вину:

«Не взваливайте на плечи смиренного Бремя присущих другим пороков, таких, как нарушение Покоя друзей, ведущих жизнь праведников, Вторжение в невозмутимый мир самодовольных, И прочее».