Живя в Лхасе, он также преподавал философию Мадхъямика в собственной, чрезвычайно оригинальной интерпретации. Его ученик Да-ва-санг-бо, последователь школы Ньингма, конспектировал его лекции и позже включил свои конспекты и раннее эссе Гедуна Чопела о правильном восприятии (записанное в блокноте) в книгу под названием «Верное изложение глубинных основ срединности: украшение мысли Нагарджуны». Книга была опубликована в Лхасе и затем в Калимпонге в 1951 году. В работе подвергаются критике взгляды на философию Мадхъямика знаменитого Цонкапы, основателя школы Гелугпа и поэтому главного объекта поклонения в университетах, где учился Гедун Чопел, — Дра-ши-кьиле в Амдо и Дре-пунг Го-манге в Лхасе. Гедун Чопел предупредил Да-ва-санг-бо, что после его смерти книга вызовет множество споров и подвергнется ожесточенным нападкам, и призвал своего ученика к осторожности.

Монгольский ученый Геше Гел-ден, обосновавшийся в Нью-Джерси, рассказал мне о случайной встрече с подвыпившим Геду-ном Чопелом на улицах Лхасы. Гедун Чопел завел его в какой-то дом и там чрезвычайно доходчиво изложил ему свою интерпретацию Мадхъямики. Геше Гел-ден был поражен способностью Гедуна Чопела сохранять ясность мысли даже в состоянии опьянения, что напоминает о его юношеском поступке, когда он продемонстрировал силу своей концентрации, рисуя в нетрезвом виде.

По некоторым сведениям, он был автором иллюстрированных книг по истории Индии и Цейлона, но они не сохранились.

Гедун Чопел критиковал сложный анализ Цонкапы философии Мадхъямика за обилие подчас запутанных и трудных для понимания тонкостей.