В частности, он считал заумью различие, которое делал Цонкапа между существованием и самообусловленным существованием, и его утверждение о том, что в пустоте объектом отрицания является только самообусловленное существование. Действительно, Цонкапа заявляет, что, пока человек не постиг пустоту, он не может правильно отличить существование от самообусловленного существования, но в то же время настаивает на том, что первый этап при медитации на пустоту — уяснить для себя, что есть самообусловленное существование и как оно представляется уму. Последователи Цонкапы пытаются сгладить это явное противоречие, объясняя, что первое постижение самообусловленного существования происходит посредством простого верного предположения, а не правильного восприятия.

Тем не менее в своей критике Гедун Чопел подчеркивает необходимость постижения пустоты медитативным путем, призывая не довольствоваться употреблением терминологии, значение которой не понято и не пережито на собственном опыте. Он заключает, что, не обращая внимания на все вербальные различия, нужно на деле опровергать горшок, колонну, существование, несуществование и тому подобное; при этом не следует забывать об основном объекте в стремлении к опровержению некоего отдельно взятого самообусловленного существования. Эта точка зрения, по его мнению, характерна и для последователей Ньингма, а также для ученых-эмпириков Гелугпа, таких, как Джанг-гья Рол-бэй-дор-же, Гунг-танг Кон-чок-ден-бэй-дрон-ме и Первый Панчен-лама Ло-санг-чо-гьи-гьел-цен. Джанг-гья замечает:

«Похоже, что, оставив конкретные явления в покое, они ищут некий рогообразный предмет, дабы сделать его объектом отрицания».

Таким образом, Гедун Чопел подвергал критике не всю школу Гелугпа, а преобладающую в ней традицию, которая, судя по тому, как в ней трактуются концептуальные различия, не основана на опыте.

И все же в своих работах Гедун Чопел нередко опровергает центральные постулаты школы Гелугпа. В начале работы «Украшение мысли Нагарджуны» автор пространно описывает произвольный характер так называемого «правильного восприятия»¹ (Pramana), которому придается немалое значение в текстах Гелугпа. В заключительной части «Трактата о страсти» он говорит: