началось строительство новой крепости. В 1764 г. командующий Сибирским корпусом И.И. Шпрингер, решив, что Бийская крепость устарела, приказал обер-коменданту Колывано-Кузнецкой линии инженер-генерал-майору И.А. Деколонгу спроектировать новые фортификационные сооружения. Новая крепость (1778) в 2 км от старых укреплений воплотила в себе практически все последние достижения военно-инженерного искусства того времени. Вместо деревянных стен и башен воздвигли земляные бастионы и редуты, обложенные с внешней стороны камнем-плитняком.

20 октября 1782 г. Бийская крепость в составе ряда других сибирских крепостей возведена в ранг «штатных» городов. С 1780 до 1820-х гг. административный статус Бийска несколько раз менялся, пока в 1827 г. он не утвердился в положении уездного центра Томской губернии.

С 1828 г. Бийск – центр Алтайской духовной миссии. В задачу миссии входило не только крещение жителей Алтая, но и распространение среди них культуры. С сер. XIX в. история Бийска связана уже с развитием торговли и сельского хозяйства. Развитию города способствовали выгодное положение на торговых путях, связывавших степной Алтай с Горным Алтаем и Кузнецкой котловиной, а также на Чуйском тракте, и благоприятные условия для земледелия и животноводства. Бийские купцы одними из первых проникли по долинам горных рек в Западную Монголию и Синьцзян. В 1860-х гг. русские сумели достичь соглашения о прямой торговле с китайскими купцами. После окончания строительных работ на Чуйском тракте обороты торговли резко возросли.

Промышленность в Бийске была развита сравнительно слабо, 80 % ее составляло кожевенное производство. Из ремесел особенно развито кузнечное. Большинство жителей работало на золотых и лесоперерабатывающих промыслах. После отмены крепостного права в 1861 г. в окрестностях Бийска начали работать Иткульский винокуренный и стекольный заводы. В конце 1880-х гг. появился винокуренный завод и в самом Бийске.