В 1939 году, когда Гитлер развязал вторую мировую войну, многие врачи Германии были мобилизованы в армию и работали в военных госпиталях. Доктор Флеминг оказался в их числе. Как и другим профессорам, ему присвоили звание полковника медицинской службы и назначили ординатором хирургического отделения одного из госпиталей. Тут он проработал почти четыре года. За это время он добился выдающихся успехов в области грудной хирургии. В руках этого изумительного мастера обыкновенный скальпель совершал чудеса. Благодаря неутомимой деятельности Флеминга не один десяток тяжелораненых, обреченных на верную гибель, остался в живых, а многие из них даже снова возвратились в строй. Если учесть, что на операционный стол к профессору Флемингу главным образом ложились высшие офицеры армии и флота, в спасении которых было особенно заинтересовано командование, то ценность Флеминга как хирурга приобретала особое значение. Поэтому, хотя он по-прежнему оставался чуждым нацистской идеологии и этого ни от кого не скрывал, руководители медицинского ведомства вплоть до последнего времени в открытый конфликт с ним не вступали. Но в 1944 году чаша терпения начальства переполнилась: антифашистские высказывания профессора были приравнены к пораженческой агитации, подрывающей боевой дух вермахта, и Флеминг очутился на восточном фронте.

Следует отметить, что в судьбе этого незаурядного человека немаловажную роль сыграла медсестра Элизабет Штокман. Эта худощавая женщина с маленьким птичьим лицом, на котором злобно сверкали два огромных серых глаза, была родом из Баварии. Ее мать, содержательница табачной лавки, до сих пор проживала в Мюнхене, а отец погиб еще в годы первой империалистической войны под Верденом. Муж Элизабет не вернулся из Испании, где он сражался против республиканцев на стороне мятежников.

Вдова кайзеровского майора воспитала свою дочь в духе ненависти к другим народам.