В 1944 году, предвидя столкновение между союзниками, которое могло бы последовать за разгромом Германии, главы британских разведывательных служб приняли решение создать новую секцию для осуществления долгосрочного проникновения в аппарат советских органов безопасности. Первым шефом секции IX был Ким Филби. Агенты МИ-6, заброшенные на парашютах в Албанию для организации заговора против только что созданного правительства Энвера Ходжи, были схвачены при приземлении. Исчезли без следа заброшенные в СССР агентурные группы, созданные из националистических элементов. Агенты МИ-6 в Чехословакии и Венгрии были арестованы.

Основной группой, использовавшейся МИ-6 для осуществления операций внутри Советского Союза до конца 60-х годов, был «народно-трудовой союз» (НТС), основанный в 1930 году в Белграде из числа русских белоэмигрантов с целью свержения [19] правительства СССР. НТС активно поддерживал нацистов до и после их вторжения в СССР.

Согласно публикации Луиса Хагена, относящейся к 1968 году, штаб-квартира НТС находилась в Париже, а ее «оперативный центр» размещался во Франкфурте-на-Майне. Организационно НТС строился по образцу разведывательной службы, его члены объединялись в небольшие группы-ячейки. НТС руководил работой радиостанции «Радио свободной России» и школой подготовки агентуры в Бад-Хомбурге. Члены НТС выезжали в Англию для получения в МИ-6 инструкций о новейших методах ведения шпионажа.

Штаб-квартира МИ-6 находится в здании Сентури-хаус, 20-этажном блоке служебных помещений в лондонском районе Ламбет. Здесь ряд региональных отделов поддерживают связь с находящимися за границей сотрудниками разведки и обрабатывают поступающую от них информацию. Отделения, подобно соответствующим подразделениям министерства иностранных дел, организованы по географическому принципу и сведены в шесть отделов: Соединенного Королевства, Европы, европейских социалистических стран, стран Ближнего, Дальнего Востока, Африки.