Поскольку в Латинской Америке имеется только одна резидентура, этим континентом, вероятно, занимается какой-то региональный отдел, хотя конфликт в Южной Атлантике мог привести и к определенной реорганизации. Другие отделы занимаются административными вопросами, подготовкой кадров, контрразведкой и обеспечением безопасности. Службы обработки информации и определения заданий, ранее действовавшие самостоятельно, объединены в один отдел. Имеется также большой отдел «специальной поддержки», который укомплектован различными специалистами. Во главе МИ-6 стоит директор.

Оперативная база МИ-6 в любой стране называется резидентурой. В ее функции входит планирование мероприятий, хранение информации, обеспечение связи. Обычно резидентура располагается в здании посольства. Однако она может находиться и в офисах подставной компании или в скромном помещении какой-то закусочной. Необязательно, чтобы резидентура располагалась в той стране, против которой она работает. На резидентуру МИ-6 в Лондоне (60, Воксхолл Бридж-роуд) возложена задача по вербовке агентуры внутри страны, по наблюдению за иностранными дипломатами и другими официальными лицами, представляющими интерес для разведки. Известно, что для подготовки своего персонала МИ-6 использует три объекта: здание конторских учреждений, 296–302 по Барэ Хай-стрит, находящееся в нескольких минутах ходьбы от Сентури-хаус; форт Монктон, около Госпорта, используемый для обработки с обучающимися тактики «побегов и уходов», актов саботажа, подрывных и других действий, в то же время [20] обучение методам наружного наблюдения и допросов (и противодействия им) осуществляется в штаб-квартире военной разведки в Ашфорде.

В резидентурах, размещенных в посольствах, сотрудники разведки официально выступают в качестве дипломатов. Зачастую это самый легкий путь для въезда разведчиков в страну. Они обладают дипломатической неприкосновенностью и имеют возможность для проведения встреч с интересующими их лицами из числа местных граждан.