С завершением этого учебного плавания Литке уже рассчитывал, что сможет в полной мере заняться наукой, тем более что его книга-отчет о плавании на «Сенявине» не только удостоилась Демидовской премии Академии наук, но сам Федор Петрович вполне заслуженно стал членом-корреспондентом этой авторитетнейшей научной организации. Однако Николай I решил иначе, сначала назначив моряка и ученого флигель-адъютантом, а затем поручив ему воспитание своего сына Константина (будущего генерал-адмирала), из которого решил сделать моряка. Хотя озадаченный Федор Петрович в ответ и заявил царской чете, что не чувствует «никакого признания к этой должности», но ослушаться высочайшего повеления, разумеется, не мог. Это важное изменение в жизни и деятельности Литке академик Безобразов позднее описал в следующих выражениях: «В то самое время, когда его умственные и творческие в науке силы вполне созрели и он готовился к новым научным подвигам, он был оторван от своего призвания и привлечен к совсем иным, чуждым его душевным силам и наклонностям, поприщам – к воспитательским и педагогическим трудам, к придворной жизни, с которою и до конца своей жизни не имел ничего нравственно общего, и затем к государственной деятельности, совсем ему не свойственной».
В конце 1843 года Литке произвели в вице-адмиралы, и весной следующего года он направляется в Архангельск, чтобы во главе отряда, состоящего из линейного корабля «Ингерманланд» и фрегата «Константин», перегнать их вокруг Скандинавии для пополнения Балтийского флота.