Именно в 1504 году Магальяйнш наконец обратился к своему королю с просьбой освободить его от службы при дворе и позволить отплыть в Индию с Франсишку ди Алмейдой — будущим вице-королем. Мануэл дал согласие. 17 декабря бывший паж Фернан ди Магальяйнш, а ныне собресальенте во флоте ди Алмейды появился у Домингу Мартинша, нотариуса из Белена, чтобы заверить и оставить на хранение свое завещание. Этот рукописный текст в отличие от составленного позже в Испании документа, выражающего последнюю волю Магальяйнша, кажется, начертан им собственноручно. Но завещание все же мало говорит о его характере. На случай, если он не вернется из Индии, Магальяйнш завещает все свое имущество сестре Терезе, ее мужу Жуану да Силва Теллишу и их сыну. Он обязует Силна Теллицiа включить герб Магальяйншей в изображения на своем родовом щите. Поместье Кинта-ди-Сота он отписывает в пользу церкви в Саброзе. За это должно быть отслужено двенадцать месс по одной в год за упокой его души. Кроме того, он просит: «Если я умру на чужбине или на корабле армады, с которой. продолжая верой и правдой служить моему повелителю, высочайшему и могущественнейшему королю Мануэлу, да продлит господь его ДНИ, направляюсь в Индию, то прошу похоронить меня как простого матроса. Мою одежду и оружие прошу отдать корабельному священнику, чтобы он отслужил три заупокойные мессы».

В первые весенние дни 1505 года Фернан ди Магальяйнш прощается с Лиссабоном, этим лабиринтом на семи холмах, где он провел юность. Он прощается с крутыми переулками между высокими, отбрасывающими густую тень домами: от их фасадов эхом отзываются пронзительные крики ремесленников, Торговок рыбой и звуки свирели, которыми пытаются привлечь внимание прохожих точильщики; прощается с Алфамой этим экзотическим уголком, где мавританские арочные проезды чередуются с внутренними двориками, великолепно разукрашенными изразцами.