Влияние китайцев распространилось и на запад от Балхаша, на киргизов Средней орды, признававших ранее подданство России. Наиболее влиятельный султан этой орды Аблайхан, впоследствии принявший ханский титул, признал себя подданным богдыхана, от которого получил грамоту на достоинство китайского князя, хотя ранее он присягал также и России.

В 1759 г. Цинская империя вторглась в Коканд (правитель Ирдана, или Эрдини-бек). В 1759–1760 гг. китайские войска совершили рейды на территории памирских владений, после чего отошли обратно на территорию Восточного Туркестана.

Уже в 1756 г. маньчжурский император Цяньлун направил в Джунгарию специальную комиссию для детального и точного описания присоединенных территорий; в описание требовалось помещать географические, статистические и этнографические сведения.