Далее в жизни Мендеса Пинто произошло какое-то прискорбное событие, которое вынудило его покинуть дом знатной покровительницы и бежать из Португалии за тридевять земель. У испанских плутов такие происшествия обычно были связаны с посягательствами на чужие кошельки. Возможно, что подобные же причины побудили и Мендеса Пинто к дальнему путешествию. Вряд ли он свято соблюдал евангельскую заповедь «не укради». Однако не менее вероятно, что к поспешному бегству его толкнуло более грозное обстоятельство.

В 1903 году португальский историк Кардозо Бетанкур в частном письме к биографу Мендеса Пинто Кристовану Айресу сообщил, что ему удалось найти в лиссабонских архивах материалы инквизиционного процесса против родителей Мендеса Пинто. Отец автора «Странствий» назван был в этих документах «новым христианином», а к этой категории принадлежали недавно крещенные португальские евреи. «Новых христиан» и еретиков в Португалии стали люто преследовать после 1535 года, когда в этой стране учрежден был трибунал святой инквизиции. Если учесть, что Мендес Пинто пустился в бега в 1537 году, то нельзя не прийти к выводу, что у него были веские основания срочно покинуть родину.

На Восток он перебрался на одном из кораблей королевской флотилии. Однако он не состоял на коронной службе. Впрочем, большинство португальских переселенцев оседало в Индии и в странах Юго-Восточной Азии в качестве приватных особ, не связанных с заморскими ведомствами Португальского королевства.

Сила и слабость португальской колониальной империи во многом определялись своеобразными особенностями того человеческого материала, который метрополия поставляла в новообретенные заморские владения. Португалия выбрасывала за океан весьма пеструю массу эмигрантов. Лишь немногие из них, преимущественно представители знати и рыцарства высшего ранга, отправлялись на Восток в качестве должностных лиц. Прочие переселенцы вынуждены были действовать на свой риск и страх и на свой кошт. Это были люди энергичные и не обремененные евангельскими добродетелями.