Мазепа вродився в Мазепинцях, на шляхетськім хуторі Київщини, недалеко Білої Церкви, який польський король Зігмунд-Август надав у 1592 р. шляхтичеві Михайлові Мазепі-Колєдинському зі славного роду Курчів.

Батько Мазепи займав визначну посаду в окрузі Білої Церкви; його мати походила теж із великої української рідні Мокевських. Вони мали двоє дітей: доньку Олесю й сина Івана, майбутнього гетьмана.

Дата народин Мазепи непевна; догадуємося, що це приблизно 1640 рік.

Щодо його дитячих літ, то теж мусимо задовольнитися здогадами. Зате уявою можемо легко змалювати собі ту наскрізь епічну атмосферу, в якій він зростав у добі невпинних боїв козаків із Польщею. Ще змалку мусив він навчитися їздити верхи, володіти шаблюкою та засвоїти собі всі ті військові вправи, які, напевно, вабили нащадка козаків. А при цьому він не занедбував своєї освіти. Адже належав до інтелігентної рідні, де наука була завсіди в пошані. Вплив його мами, Марії, що була жінкою освіченою, сміливою й свідомою патріоткою, заважив на ньому, й був це єдиний вплив, до якого признавалася така таємна й незбагнена індивідуальність. Мати вислала його на студії до Києва, де тодішні школи були славні на весь європейський Схід. Вчили там професори, що кінчали свої студії на Заході, а заснував їх київський митрополит Петро Могила, давній учень Єзуїтської Колегії "Ля Флеш", звідки запозичив методи навчання.

Мазепа студіює три роки риторику та латину. Цицерон, Тит, Лівій і Тацит стають його улюбленими авторами і їхня мова та гармонійний стиль залишаться для нього зразками та чаруватимуть його все життя. Мазепа добре володів пером, у хвилинах дозвілля писав вірші й цікавився всіма родами літературної творчості.