Военное управление подверглось также преобразованиям. Уже в начале царствования уничтожены были военные поселения, сокращение срока солдатской службы с 25 до 15 лет, отменены унизительные телесные наказания, обращено особое внимание на поднятие уровня общего образования офицеров армии посредством реформ военных учебных заведений. Далее, вследствие замеченных недостатков в устройстве военного управления, происходивших от излишней его централизации, в 1862 г. было дано военному министерству высочайшее повеление подвергнуть систему военного управления коренному пересмотру, чтобы усилить управление по местам расположения войск. В результате этого пересмотра явилось высочайше утверждённое 6 августа 1864 г. Положение о военно-окружных управлениях. На основании этого Положения устроено первоначально девять военных округов, а затем (6 августа 1865 г.) ещё четыре. В каждом округе поставлен, назначаемый по непосредственному высочайшему усмотрению, главный начальник, носящий название командующего войсками такого-то военного округа. Эта должность может быть возложена и на местного генерал-губернатора. В некоторых округах назначается ещё помощник командующего войсками.

Другою существенною мерой для преобразования нашего военного устройства послужил изданный 1 января 1874 г. Устав о воинской повинности, по которому всё мужское население империи, без различия состояний, подлежит воинской повинности, причём эта повинность состоит в пребывании в течение шести лет в строю, девяти лет в отчислении и до сорокалетнего возраста в ополчении. Нужно ещё иметь в виду, что в 1867 г. в армии был введён также гласный суд, судебная власть распределяется между полковыми судами, окружными судами и главным военным судом (в Петербурге). Состав судов, исключая полковые, предполагалось пополнять офицерами, оканчивающими курс в Военно-юридической академии.