Народное образование также обратило на себя внимание государя. Особенно важное значение имело в этом отношении издание нового и общего устава российских университетов 18 июня 1863 г., в выработке которого, по инициативе министра народного просвещения А. В. Головнина, участвовала особая комиссия при главном правлении училищ, составленная преимущественно из профессоров Петербургского университета. По этому уставу, каждый университет, под главным начальством министра народного просвещения, вверен попечителю учебного округа, которому поручен правительственный контроль в пределах, уставом определённых, за самостоятельными распоряжениями университета. Каждый университет состоит из определённого числа факультетов. Управление учебною частью вверено факультетам и совету университета. Каждый факультет составляет самостоятельное факультетское собрание из ординарных и экстраординарных профессоров под председательством декана, избираемого ими на три года. Совет составляется из всех ординарных и экстраординарных профессоров под председательством ректора, избираемого советом на четыре года и утверждаемого в звании высочайшим приказом. Ректору вверено и ближайшее управление университетом. Для разбирательства проступков студентов учреждён университетский суд из трёх судей, ежегодно избираемых советом из профессоров. Кроме того, увеличивается содержание профессоров, число кафедр и средства университета.
19 ноября 1864 г. появился также новый устав о гимназиях, значительно видоизменённый и дополненный уставом 19 июня 1871 г. По этим уставам, средние учебные заведения подразделены на классические, в которых с большою твёрдостью проведена классическая система, и реальные. Народное образование в полном смысле урегулировано высочайше утверждённым 14 июня 1864 г. Положением о начальных народных училищах.
Обращено было внимание и на женское образование. Уже в 60-х годах вместо прежних закрытых женских заведений стали устраивать открытые, с допущением девиц всех сословий, причём эти новые учреждения находились в ведомстве учреждений императрицы Марии.