Не теряя времени, Софья собрала выборных от всех стрелецких полков и со слезами объяснила им, какую опасность для Церкви и государства представляют их товарищи, введенные в заблуждение. И просила поддержать ее в борьбе против еретиков. Стрельцы отвечали ей: «Мы не стоим за старую веру. Это дело не наше, это дело патриарха и всего Освященного Собора». Ободренная Софья напоила их водкой и дала денег, чем подняла их дух. Они были нужны ей и готовы на полицейские действия в собственных рядах. Спустя несколько дней они схватили Никиту и еще нескольких вожаков. Никите отрубили голову на Красной площади, а его единомышленники были сосланы или отправлены в тюрьмы.

Эта крайняя мера не спровоцировала восстание, чего опасалась Софья, но и не привела раскольников в рядах стрельцов к раскаянию. Имеющий большое влияние на солдат, старый князь Хованский открыто призывал их к неповиновению. Для них он был настоящим хозяином Руси. Его называли отцом-батюшкой и были счастливы, когда он обращался к стрельцам «дети мои». «Дети мои, – говорил он им, – бояре мне грозят за вас. Мне стало делать больше нечего. Как хотите, так и делайте!» Так он готовил идею нового бунта.

2 сентября 1682 года Софья получила анонимное письмо с доносом о том, что Иван Хованский готовится убить ее и обоих царей с царицей Натальей руками преданных делу стрельцов. Возможно, письмо это было сотворено Иваном Милославским, открытым противником старого князя, и вовсе не соответствовало правде. Но Софья, обрадовавшись этому предлогу, притворилась, что поверила в настоящий заговор, предупредила бояр об опасности, которая всем угрожала, и спешно покинула Москву вместе с обоими царями, Василием Голицыным и двором.