Вскоре, приехав в село Воздвиженское, она адресует Ивану Хованскому послание, написанное в очень дружественном тоне, приглашая его присоединиться к ней, чтобы вместе обсудить государственные дела. Не ожидая подвоха, самолюбивый Иван Хованский собирается в дорогу вместе с сыном Андреем и охраной из тридцати шести стрельцов. Когда они решили разбить лагерь в двадцати пяти верстах от Москвы, большой отряд солдат по приказу Софьи окружил сторонников Хованского, разоружил стрельцов и привел на главную площадь деревни, где уже возвышался эшафот. Без следствия, дебатов и суда; приговор был вынесен уже давно, монотонным голосом его зачитал дьяк: «Князь Иван, ты всегда действовал по своему усмотрению, не считаясь с мнением царей, ты растратил Государственную казну на людей, которые этого не заслуживали; ты позволил стрельцам дерзко вторгнуться в царские палаты; твои недобрые намерения по отношению к царствующим персонам раскрыты, твое предательство неопровержимо доказано, поэтому государи приговаривают тебя к смерти». То же наказание постигло и сына Ивана Хованского. Оба, отец и сын, несмотря на их протесты и уверения в невиновности, были тут же обезглавлены. Их тридцать шесть соратников постигла та же участь. В этот же день, 17 сентября, царевна получала поздравления по случаю своих именин.

В Москве, узнав о казни своего предводителя, «батюшки», Ивана Хованского, вооруженные стрельцы в ярости заняли Кремль, захватили патриарха Иоакима и, пропьянствовав всю ночь, стали решать, идти ли им против толпы бояр или ждать штурма на месте. Со всех сторон к ним слетались тревожные новости: шпионы Софьи подняли всю страну против виновников волнений, большая армия дворян вместе с их крепостными готовилась атаковать столицу. Письмо царевны патриарху, перехваченное восставшими, подтверждало эти слухи. Внезапно надменность стрельцов сменилась ужасом и слезами. Те, кто хотел господствовать на Руси, теперь могли надеяться только на великодушие регентши.