Избавившись таким образом от одного из двух царей, от большинства стрельцов и самых ярых староверцев, Софья готовилась управлять страной вместе с Василием Голицыным. Окружающие сравнивали Софью с Семирамисом Вавилонским или Елизаветой Английской. Софье же была ближе императрица Пульхерия Византийская. Не принимая во внимание две детские головки, увенчанные короной, которые находились в ее тени, она требовала, чтобы к ней обращались «Ваше Величество» или «Пресвятая Царевна», занимала место рядом с Иваном на официальных церемониях и заказала в Голландии выгравировать свой портрет, на котором была изображена в шапке Мономаха.
Однако, достигнув вершины власти, она не потеряла рассудок. Ее первые решения были тверды и мудры. 30 декабря 1682 года – семь недель спустя после ее возвращения в столицу – двенадцать из двадцати стрелецких полков были отправлены на дальние заставы. Когда-то гордые стрельцы потянулись по снежным дорогам в ссылку со своим скарбом, женами и детьми. Прощай, счастливая жизнь с привилегиями, гулянками и дерзкими выходками! Те, кто остались в Москве, были собраны в надежное и дисциплинированное войско. Неспособные и неблагонадежные командиры были смещены. Главой стрелецкого войска вместо обезглавленного интригана Ивана Хованского был назначен энергичный и жестокий думский дьяк Федор Шакловитый. Впредь Софья станет опираться на двух человек в управлении страной: Федора Шакловитого и Василия Голицына. Ее политическое вдохновение было то великодушно, то авторитарно. Она упорно преследовала раскольников, обрекая самых строптивых на гибель своими приказами, и со всем почтением принимала гугенотов, бежавших из Франции после отмены Нантского указа.