Внутри церкви, над входом, шла галерея, тогда ее называли полатями. В те немногие месяцы между походами, когда Юрий, победитель или побежденный, возвращался в свой исконный город, он поднимался во время церковной службы по деревянной лесенке наверх, на эти полати. Там стоял он, окруженный семьей и избранной челядью, впереди всех и молился, а помолившись, шел в свои покои пировать с дружинниками.

Каким был его терем и где он стоял, мы не знаем, Варганов пытался вести раскопки, но безуспешно. В разных местах он нашел лишь несколько обломков плоской плинфы. Такие же обломки были найдены и раньше, при раскопках в Переславле-Залесском. Возможно, кирпичная кладка не была забыта со времен строительства первого суздальского собора Владимира Мономаха, из плинфы строить продолжали, но только здания гражданские. Чтобы подтвердить эти догадки, нужно копать и копать.

Церковь Бориса и Глеба в Кидекше. Реконструкция.

Княжеский терем погиб во времена позднейших бедствий. В церкви были разрушены апсиды до средины, а также своды.

В XVII веке, когда разбогатевшие суздальские купцы принялись между собой соперничать и строить в городе одну за другой церкви, был обновлен и Кидекшский храм, но совсем на иной лад. Крышу перекрыли на четыре ската, вместо прежнего богатырского шлема поставили маленькую луковку. Узкие щелевидные окна совсем заложили и прорубили широкие. Но если подойти к церкви поближе и вглядеться в каменную кладку, можно различить на стенах очертания этих заложенных первоначальных окон.

Внутри церкви находились каменные гробницы сына Юрия Долгорукого Бориса, жены Бориса Марии и их дочери Ефросиний.

В XVII веке суздальский воевода Тимофей Савелов заглянул из любопытства в щель расколотой каменной крышки, увидел останки и тотчас же отписал самому царю Алексею Михайловичу: