От революционных времен осталась у Нодье и тяга к участию в тайных обществах – пусть даже не всегда имеющих отчетливую политическую цель. Так, в 17 лет, в 1797 г., он создает в родном Безансоне тайное общество Филадельфов, о характере которого исследователям известно очень мало; по-видимому, это был прежде всего кружок юношей-единомышленников, посвятивших себя изучению природы и философствованиям о ней. В 1802 г. в Париже он вступает в другое общество – группу, называющую себя «Медитаторами» и проповедующую близость к природе, вегетарианство, изучение древней поэзии: псалмов и песен Оссиана.

Любовь к природе принимает у Нодье форму интереса к энтомологии, оставшегося у него на всю жизнь (главной страстью писателя были бабочки, так любовно изображенные в двадцатой главе «Феи Хлебных Крошек»). Первым печатным трудом Нодье стала именно работа по энтомологии – написанное в соавторстве с другим «филадельфом», Люкзо де ла Тебоде, «Рассуждение о назначении усиков у насекомых и об их органе слуха» (1797). В 1801 г. за этой книгой последовала «Маленькая библиография насекомых».

Переворот 18 брюмера (9 ноября 1799 г.) вызывает тревогу у Нодье: он видит в приходе Бонапарта к власти угрозу свободе и сочиняет сатирическую оду против первого консула, которая в 1802 г. выходит в свет анонимно и имеет немалый успех. Нодье при этом занимается не одной лишь политикой, он пробует силы в лингвистике (науке, которой наряду с энтомологией останется верен до конца дней), и в том же 1802 г. выпускает «Толковый словарь французских звукоподражаний». В самом конце следующего, 1803 года без всякой видимой причины – возможно, от отчаяния, вызванного безвременной смертью возлюбленной, двадцатидвухлетней Люсили Франк, – он доносит сам на себя властям, открывая авторство антинаполеоновской оды, и попадает в тюрьму Сент-Пелажи, где сводит знакомство с разного рода заговорщиками и оппозиционерами (впоследствии в одном из мемуарных очерков он утверждал даже, что его товарищем по заключению был знаменитый маркиз де Сад, однако документы свидетельствуют, что к тому времени, когда Нодье попал в Сент-Пелажи, Сада уже перевели в Шарантон).