Проступок поэта-сатирика был сочтен не слишком серьезным, и через месяц Нодье выпустили на свободу, однако лишили права находиться в Париже и выслали в Безансон под надзор полиции. К этому времени он был уже автором не только лингвистических и энтомологических сочинений, но и нескольких художественных произведений, причем написанных в совершенно разном духе: «Изгнанники» (1802) и «Зальцбургский художник» (1803) – типично романтическая проза о несчастной любви и разочаровании в жизни, опубликованная анонимно «Последняя глава моего романа» (1803) – легкомысленная ироническая повесть, продолжающая традиции любовного романа XVIII века. Однако время полностью посвятить себя литературе для Нодье еще не настало. В 1805 г. он с несколькими друзьями замышляет дерзкое предприятие: похитить Наполеона на пути из Милана, куда император ездил короноваться итальянским королем. Но полиция Фуше работала исправно: заговор раскрыли еще до того, как «злоумышленники» успели что-либо предпринять. Друзей Нодье арестовали, а сам он сумел заблаговременно скрыться и несколько месяцев скитался в горах Юра, ночуя где придется.

Постепенно жизнь его возвращается в привычную колею. Он выпускает очередной образец романтической прозы – сборник «Печальные, или Отрывки из записок самоубийцы» (1806); в 1808 г. читает в городе Ду, префект которого ему покровительствует, курс публичных лекций о философии, изящной словесности и естественной истории, пользующийся большой популярностью среди местных жителей, и женится на сводной сестре своей умершей возлюбленной. Он пробует силы в разных занятиях, так или иначе связанных с литературой: помогает богатому англичанину комментировать Горация (1809–1810), поступает на государственную службу в качестве заведующего библиотекой города Лайбах (ныне Любляна) – столицы Иллирийской провинции, принадлежавшей в ту пору Франции (1813).