Оперативные и специальные подразделения СД уходили вперед вместе с наступающими армейскими частями, а им на смену прибывали айнзатцкоманды полиции безопасности и СД. На оккупированной территории оккупантами была установлена следующая система полицейского управления: до марта 1942 г. руководство всеми подразделениями полиции безопасности и СД осуществляли начальники айнзатцгрупп. В марте 1942 г. на Украине и в рейхскомиссариате «Остланд», объединявшем в своих рамках Прибалтику и частично территории Белоруссии и северных районов России, были учреждены должности командующих полицией безопасности и СД. В их подчинение переходили айнзатцкоманды и группы и зондеркоманды. В каждый генеральный округ были назначены руководители полиции безопасности и СД. Помимо своего аппарата они имели низовые территориальные органы — внешние отделы (ауссендинстштелле), ауссенштелле в районных центрах и отделения (цвайгштеллен), пункты (блокштеллен). В военном отношении оккупированная территория была разделена на 3–4 области и, соответственно, на военные группировки. По согласованию с ОКВ Гиммлер назначил в каждой области высших руководителей СС и полиции безопасности, которые находились в его непосредственном подчинении. Высшие руководители СС и полиции были подчинены командующим полиции безопасности и СД. В подчинении командующего СС и полиции находились следующие формирования:

Айнзатцкоманды и территориальные органы полиции безопасности и СД.

Охранные батальоны.

Подвижные полицейские части.

Соединения вспомогательной полиции и службы: технической помощи, НСКК, пожарная охрана.

Местные охранные и полицейские части — местная полиция и жандармерия.