В феврале 1943 г. команда выехала в Киев, оттуда направилась в Чернигов для проведения карательных акций против партизан.

Личный состав команды организовывал и принимал участие в массовом уничтожении жителей Киева в Бабьем Яре. Их жертвами стали свыше 33 тыс. человек.

Зондеркоманда 4Б. Зондеркоманду 4Б последовательно возглавляли штурмбанфюреры СС Герман Гюнтер (1941), Брауне Фриц (1941–1942), Хенш Вальтер (1942), Майер Август (1942), Зур Фридрих (1942–1943), Краузе Вольдемар (1943–1945). Командой уничтожено свыше 6 тыс. человек.

Айнзатцкоманда 5. Органом последовательно руководили оберфюрер СС Шульц Эрвин (1941) и штурмбанфюрер СС Майер Август (1941–1942).

Командой уничтожено свыше 46 тыс. человек.

Айнзатцкоманда 6. Действовала в тыловых районах немецкой армии. Начальниками команды последовательно были штурмбанфюреры СС доктор Крогер Эрхард (1941), Мор Роберт (1941–1942), Биберштейн Эрнст (1942), Зур Ф. (1942–1943).

В ноябре 1941 г. команда размещалась в Днепропетровске, с декабря 1941 до лета 1942 г. — в Сталине. В июле-августе 1942 г. оперировала в Таганроге, откуда выбыла в Ростов-на-Дону, сменив там зондеркоманду 10А айнзатцгруппы Д и приняв на связь ее агентуру.

В этот период оперкоманде подчинялась русская вспомогательная полиция, которая занималась выявлением коммунистов, комсомольцев и евреев, ежедневно представляя сведения в оперкоманду. Следствие по делам арестованных велось в городской тюрьме специальной группой следователей: Бляшке, Краузе и Янсен. Они же контролировали русскую вспомогательную полицию и использовали ее оперативный состав для проведения массовых арестов и следствия.

В начале сентября 1942 г. оперкомандой была создана в Ростове-на-Дону школа подготовки агентов для последующей работы на оккупированной территории. Первоначально школа размещалась в бывшем здании управления милиции Ростовской области. У входа в здание висела вывеска «СД 7 Ц 6».